Anfang der 90er gab es national einen weiteren Erfolgslauf. Meister von 91-93, Cupsieger 90, 92 und 94, sowie Supercupsieger 1991-94, da blieb unter dem Trainertrio Prohaska, Obermayer und Sara nicht viel für andere Vereine übrig. Der spätere Hamburger Ivanauskas, Peter Stöger, Andi Ogris und Franz Wohlfahrt waren die bekanntesten Spieler dieser Generation. Leider konnte diese Erfolgsmannschaft aufgrund geänderter finanzieller Umstände und manch interner Unstimmigkeiten nicht zusammen gehalten werden, die besten Spieler mussten abgegeben werden. Ivanauskas und Wohlfahrt wechselten in die deutsche Bundesliga, Flögel nach Schottland, Ogris, Prosenik, Stöger und Zsak suchten sich neue Vereine in Österreich. So schlitterte die Wiener Austria in eine der schlimmsten sportlichen Krisen seiner Geschichte. Verlustreiche Meisterschaften und häufige Trainerwechsel ließen die Medien immer häufiger über den Niedergang der Austria schreiben.

Im März 1991 feierte die Austria ihr 80-jähriges Bestehen mit einem matten 1:0 Sieg gegen Vorwärts Steyr, den Ralf Hasenhüttl fixierte, in der folgenden Runde blieb Herbert Prohaska erstmals im Trainerduell mit Krankl siegreich. Die Violetten gewannen im Hanappi-Stadion mit 2:1. Die Austria verzeichnete einen hervorragenden Start in die Frühjahrssaison, die ersten sieben Spiele wurden gewonnen. Die Meisterschafft blieb bis zur letzten Runde spannend, Austria und Tirol hatten noch Titelchancen und die Veilchen mussten zur Admira in die Südstadt. Lange führten die Niederösterreicher, erst ein Traumtor von Christian Prosenik sicherte den Ausgleich und damit den Titel für die Austria. Unvergesslich die Jubelszenen nach Spielende als Meistermacher Prohaska auf den Schultern seiner Spieler durchs Stadion getragen wurde. Nationale Fußballgeschäfte freilich zählten im Fußballgeschäft immer weniger, sie waren nur noch die Eintrittskarte zu den internationalen Bewerben und damit zum großen Geld.