Schon Anfang der neunziger Jahre wurde immer wieder über eine Euro-Liga der großen europäischen Klubs nachgedacht. Ab 1992 wurde der Meistercup erstmals nicht nach dem k.o. System ausgetragen, sondern es wurden zwei Viertelfinalgruppen eingerichtet. Mit der Saison 1994/95 begann eine neue Phase im europäischen Vereinsfußball: Die Champions League war nun auf dem Parkett, auf dem sich das große Fußball-Europa bewegte. Die beiden Wiener Großklubs Rapid und Austria versuchten an diesem großen Kuchen mitzunaschen. Der Einstieg der Creditanstalt zusätzlich zum Langzeitsponsor Austria Tabak erlaubte dem Vereinsvorstand einen neuen Anlauf in Richtung Spitze. Dank dieser beiden Sponsoren wurde eine Mannschaft zusammengestellt, die nach einigen Anfangsschwierigkeiten wieder zu den absoluten Meisterschaftsfavoriten zählen wird. Und im April 1999 folgte der große Paukenschlag: Nach seinem Abschied als großteils erfolgreicher Nationaltrainer feierte die Austria-Legende "Schneckerl" Prohaska sein Comeback bei den Veilchen. Mit ihm kehrte die Begeisterung zur Austria zurück.

Leider hielt die Ära Prohaska nicht das was man sich von ihr versprach. Im November 1999 präsentiert die Austria einen neuen Hauptsponsor. Magna, die Firma von Austrokanadier Frank Stronach, übernimmt mit kräftiger finanzieller Unterstützung die Führung der Kampfmannschaft. Unter dem Druck einen Neuanfang starten zu wollen, setzt der neue Großinvestor Magna auf andere Pferde. Für Prohaska kommt Heinz Hochhauser, der mit Ried überraschend erfolgreich war. Im Sommer 2000 tritt die Austria am Transfermarkt als "der" Einkäufer auf. Mit gleich neun neuen Spielern, soll Hochhauser die Austria wieder ganz an die Spitze führen. Auch ihm bleibt, wie später dem Holländer Arie Haan und dem Duo Pfeffer/Hörmann, der Erfolg versagt.

Erst mit der Verpflichtung von Didi Constantnini als Coach im Winter 2001/02 schafft die Austria, trotz einer Blamage gegen den eigenen Satellitenclub Untersiebenbrunn im Cup, nach sieben Jahren wieder die Qualifikation für den UEFA-Cup. Im Sommer kam mit Walter Schachner ein alter, bekannter Spieler als Trainer zurück zum Verein. Kurz vor Nennschluss für den EC gelingt der Austria mit der Verpflichtung von Djalminha ein Sensationstransfer. Noch mehr Sensation war allerdings die unerwartete Ablöse von Walter Schachner durch den deutschen Starcoach Christoph Daum. Ein unorthodoxer Trainerwechsel, zumal Schachner souverän die Tabelle anführte und nur eine Niederlage in elf Spielen verbuchen musste.

Mit Daum wurde ein Mann für die Zukunft und die Ziele des Klubs geholt, nämlich ein erfolgreiches Bestehen in der Champions League, der den Weg zum internationalen Großklub um eine weitere Ebene ergänzen soll. Der FK Austria Memphis MAGNA erringt den 22. Meistertitel. Nebenbei sichert sich die Austria auch den Cup-Sieg und damit das Double. Dennoch verlässt Daum nach einer erfolgreichen Saison Österreich.

Sein Nachfolger Joachim Löw, der bereits mit dem FC Tirol erfolgreich österreichische Fußballluft geschnappt hat, ist bis März 2004 im Amt, ihm folgte Sportdirektor Günter Kronsteiner, der in einer Doppelfunktion - Sportdirektor und Trainer - die sportliche Alleinverantwortung hat. Kronsteiner holte sich mit Beginn der neuen Saison Lars Söndergaard als Trainer. Der Däne arbeitete erfolgreich in Salzburg, die beiden kennen einander seit ihrer gemeinsamen Vergangenheit bei den Mozartstädtern. Die UEFA-Cup-Saison 2004/05 verlief unter den beiden sehr erfolgreich. Die Qualifikation für die reformierte Gruppenphase gelang in zwei Spielen gegen Legia Warszawa. Dort holten die Violetten die erforderlichen Punkte und erreichten die KO-Phase, in der Athletic Bilbao und Real Saragossa bezwungen werden konnten. Erst im Viertelfinale scheiterte man am FC Parma (1:1, 0:0) aufgrund der Auswärtstorregel.

Die Zusammenarbeit mit dem Duo wurde im April 2005 beendet und im Mai 2005 betraten die Ex-Spieler Peter Stöger sowie Frenkie Schinkels die Kommandobrücke. Nach etwa vier Wochen errangen die beiden den Cupsieg 2005 und holten in der folgenden Saison 2005 / 2006 mit den Veilchen das Double. Nach vielen Abgängen und dem schlechtesten Start eines Meisters in der Bundesligageschichte trat zunächst Thomas Parits als neuer Generalmanager sein Amt an und wenig später wurde Frenkie Schinkels gemeinsam mit Sportdirektor Peter Stöger beurlaubt.

Am 23. Oktober 2006 wurde Georg Zellhofer als neuer Austria-Trainer vorgestellt. Sein erstes Pflichtspiel gegen Wacker Tirol gewann er mit 4:1. "Schurl" führte das violette Team am 1. Mai 2007 zum Sieg im Pokalfinale (2:1 gegen den SV Mattersburg), dies bedeutete zugleich die Qualifikation für den UEFA-Cup.

Im März 2008 trennten sich jedoch die Wege und für den Rest der Saison übernahm Didi Constantini das Ruder. Der Tiroler errang mit den Veilchen, wie schon 2002, doch noch den angestrebten Europacupstartplatz.

Nach dem Abgang von "DiCo" betreut seit Saisonbeginn 2008 / 2009 Austria-Urgestein und Publikumsliebling Karl Daxbacher (vom LASK kommend) gemeinsam mit Co-Trainer Sepp Michorl die Kampfmannschaft der Wiener Austria. Die beiden hatten zuvor bereits von 2002/03 bis 2005/06 höchst erfolgreich (Herbstmeister der zweithöchsten heimischen Spielklasse und Cup-Triumph über den FC Salzburg in der Saison 2005/06) die Geschicke der violetten Amateure gelenkt.